את רוב המחלות והסימפטומים ניתן לרפא, או לפחות להביא לשיפור משמעותי, באמצעות השימוש הנכון בכלי הרפואה המשלימה. דבר זה מתאפשר בזכות זווית הראייה הייחודית לרפואה המשלימה, אבחון מדוקדק ושימוש במספר שיטות טיפול טבעיות במקביל.
באמצעות הטיפול הטבעי במחלות ניתן לעיתים לסייע גם במקרים בהם הטיפול הרפואי אינו מועיל, וכן לצד תהליך רפואי קיים, בשיתוף הרופא המטפל.
הטיפול הטבעי מתחיל באבחון מדוקדק ולאחריו מותאמת למטופל תוכנית פעולה אישית, הכוללת את שיטות הטיפול המומלצות לו ואת תכיפות המפגשים המתאימה. תהליך זה נעשה בשיתוף המטופל ובהתחשבות בהעדפותיו ובמגבלותיו.
במקרים מסוימים מעורב במחלה גם פן נפשי (פסיכו-סומאטי) המחזק את הבעיה. במצבים אלו תינתן תמיכה גם לפן זה, באמצעות שינוי המודעות ותרגילים תומכים.
הטיפול הטבעי במחלות הוא יעיל, לרוב מהיר ומלווה בשיפור ההרגשה הכללית הגופנית והנפשית, היעלמות של סימפטומים נוספים אשר לא היו במוקד הטיפול, ובשיפור ניכר בתוצאות בדיקות הדם.
הטיפול הטבעי מאפשר לאדם להבין את מערכת הסיבה והתוצאה של גופו ומעניק לו את הכלים להיות האחראי לבריאותו.